Какая должна быть установлена арендная плата за аренду транспорта у своих работников?существуют ли какие-либо рамки?

Давайте взглянем на Вашу ситуацию с другой стороны. Ваши работники получают арендную плату, систематически, в течение года, за сдачу в аренду принадлежащего им имущества. В соответствии с ГК и НК РФ - это является для них предпринимательской деятельностью, и соответственно они должны быть зарегистрированы (ну хотябы как ИП). Кто и какой мере нарушает можно посмотреть из судебной практики. Как минимум могут доначислить налоги. А по Вашему вопросу. Если они будут оформлены надлежащим образом, то платите сколько хотите.