Можно ли провести проверку ип который перерегистрировался?

Да, представьте себе, можно.
ип - это статус физического лица, примерно такой же как статус замужней (женатого). если человек разводится, он другим человеком же не становится? вот и тут так: тот факт, что предприниматель деятельность прекратил, а потом опять начал, на факт проведения проверки не влияет. совсем, никак.
налоговый кодекс предполагает возможность проведения выездных проверок в отношении юридических лиц и физических лиц. заметьте: физических лиц, а не конкретно предпринимателей. это означает, что выездная проверка вполне может проводится и в отношении "обычного" физического лица, предпринимательскую деятельность не ведущего совсем.
кроме того, следует учесть, что предприниматель, даже потеряв свой статус, все равно отвечает по своим прежним обязательствам, а выездные проверки закон разрешает проводить за прошлые года (до трех).
получаем вывод: проверить ип налоговая инспекция имеет право даже в том случае, если он этот статус уже утратил. право на проведение проверки налоговики не утрачивают и тогда, когда ип деятельность прекращает полностью, и тогда, когда прекращает и возобновляет заново (хоть в период проверки, хоть до её начала). мало того, налоговая имеет право проверить бывшего ип за три предыдущих года (или за те периоды в течение трёх предыдущих лет, когда он вёл предпринимательскую деятельность).

так что финт ушами с прекращением деятельности и новой регистрацией от выездной проверки не избавит.