Как уволиться если директор под следствием, а компания уже как 2 года не ведет никакую деятельность.

Исковое о принудительном прекращении трудовых отношений, в связи с тем, что другими путями сделать это невозможно.

теоретически, можешь прокатиться в колонию и добиться встречи с директором, который подпишет заявление. тот факт, что он присел, не снимает с него прав и обязанностей директора ооо.

кстати, можно и через учредителей вопрос решить, если учредитель и директор — не один и тот же человек.